Тут все зависит от ситуации. На то между уроками есть перемена - посетить удобную, поговорить с одноклассниками, перейти с одного класса в другой. Все свои дела ученик должен решать на перемене и на этом должен настаивать не только учитель, но и родители.
Да, бывает так, что ребенок не подумал об этом. Или привык, что учитель отпускает на уроке. Но в случае отказа со стороны учителя ученик должен спокойно вернуться на свое место и терпеть до конца. Да-да, многие могут сказать, что терпеть в такой ситуации - это вредно для здоровья. Но по факту любой может выдержать 45 минут урока. И после такого ребенок уж точно запомнит, что свои дела нужно решать не в учебное время.
Конечно, могут быть исключения. Например, у ребенка могут быть проблемы с почками и подобное. Но тогда родителям просто нужно посетить директора, дабы он донес до учителей о столь деликатном проблеме. Тогда ребенка будут без проблем отпускать, если он не начнет злоупотреблять этим.
Не забываем, что отпрашиваясь в туалет, ученик не всегда идет туда. Он может просто пойти и поговорить по мобильному, поиграть на нем же. Или же просто выйти и походить по школе, дабы его не спросили и не поставили плохую оценку.