Пельмени практически всегда делаются с помощью пельменниц, что позволяется сделать их маленькими и крепкими. Форму пельменю придаёт пельменница и скалка, практически ничего не делается вручную. Маленький пельмень удобен тем, что удобно подбирать порцию.
Вареники, изначально, делаются руками. Делать маленький вареник пальцами неудобно.
Ещё до появления пельменниц, пельмени делались руками, но все равно были меньше. Почему? Потому что пельмени, в виду пресного теста, могли быть вариантом первого блюда(в супе), а вареники нет(тесто может быть дрожжевое, содержать молоко или даже простоквашу, начинка может быть не только мясной).
В целом, это разные блюда, причём принадлежащие разным кухням - русской и украинской, отсюда и отличия. Со временем, национальность блюд стёрлась.
Также обращаю внимание на такое явление, как манты - блюдо совершенно из другой кухни, но имеющее аналогичный принцип. Часто они значительно больше вареников, а подаются с очень специфическими острыми соусами. Однажды попробовав правильно поданные манты из баранины Вы никогда не спутаете их с варениками или пельменями.