Разница между сослагательным наклонением (Subjunctive Mood) и условными предложениями, конечно же, есть. Прежде всего в употреблении видо-временных форм.
Наклонение (mood) - это форма глагола, определяющая отношение действия к действительности, то есть является ли действие реальным, желаемым, проблематичным или нереальным.
Наклонения в английском языке представлены тремя видами: изъявительное (Indicative Mood), повелительное (Imperative Mood) и сослагательное (Subjunctive Mood). У английского сослагательного наклонения (Subjunctive Mood) существуют три разновидности: условное наклонение (Conditional Mood), сослагательное наклонение (Subjunctive Mood) и предположительное наклонение (Suppositional Mood).
Очень часто условные предложения рассматриваются как разновидность сослагательного наклонения, с той лишь разницей, что действия в них реальные в отличие от нереальных (в настоящем, прошедшем и будущем), представленных сослагательным наклонением.
Достаточно сложно:-) Но это только в теории: на практике всё значительно проще. А говоря же совсем по-простому, то, если в предложении есть слово если, то это будет предложение условное (соответствует придаточному условному предложению в русском языке). А вот если к слову если ещё прибавляется и частица бы (показатель сослагательного наклонения), то это уже и будет непосредственно сослагательное наклонение.
Самое главное, что нужно помнить при изучении английского языка (с практической точки зрения), что после if (неважно, какое предложение условное или сослагательное) не употребляется будущее время. (Не следует путать предложения условные с предложениями дополнительными/изъяснительными, где после if будущее время употребляется!)