Основные правила орфографии в английском языке закрепились с появлением книгопечатания. Случилось это у англичан в далёком XV веке. До этого было множество различных вариантов написания слов, в разных регионах они отличались и основывались на произношении слов (тогда английский звучал совершенно иначе) или на сохранении/частичном сохранении орфографии заимствованых слов из других языков (латинский, французский). Для печатной версии выбирали какой-то один вариант написания слова.
С XV века фонетика английского языка очень сильно изменилась. Самым значительным явлением был Великий сдвиг гласных, когда все гласные языка за пару-тройку веков стали произноситься иначе. Например, долгий звук /a:/ перешёл в /æː/, потом в дифтонг /eɪ/; долгий /o:/ перешёл в /u:/; долгий /e:/ перешёл в звук /i:/ и т.д.
Именно по этой причине написание английских слов выглядит сейчас вообще нелогично. Но когда-то Е в анлийском читалась как Е, а две буквы ЕЕ просто обозначали долгий звук /e:/. Так же, как и двумя ОО обозначался долгий гласный /o:/. Благодаря книгопечатанию написание слов осталось прежним (после XV века конечно были изменения в орфографии, но не такие прям кардинальные, иначе пришлось бы всё менять), а произношение изменилось. В итоге имеем то, что ЕЕ сейчас в большинстве слов произносится как /i:/.
<hr />
Вкратце: такие слова как SEE, FEET когда-то произносились с длинным "е" (т.к. /се:/, /фе:т/) поэтому так и писались. За несколько веков произношение изменилось, /e:/ стал звучат как /i:/, но написание осталось старым. Поэтому SEE и FEET читаются с /i:/ (как /си:/, /фи:т/).
