Чтобы выяснить, какой вариант предпочтительнее в разговоре, хочу супа или супу, просклоняю это существительное мужского рода:
и.п. что? суп
р.п. тарелка чего суп-а
д.п. иду к чему? к суп-у
в.п. вижу что? суп_
т.п. наслаждаюсь чем? суп-ом
п.п. мечтаю о чём? о суп-е.
Как видим, форма родительного падежа этого слова в сочетании с другим существительным (тарелка) имеет окончание -а.
Но когда идет речь о супе, как части от целого, то возможной формой может быть и слово с окончанием -у:
хочу суп-у.
Аналогично такое явление происходит с вещественными существительными мужского рода:
хочу ча-ю, сахар-у, морс-у; дайте кле-ю, воск-у, керосин-у, скипидар-у.
Но сравните:
чашка ча-я, сладость сахар-а, стакан морс-а, тюбик кле-я, бачок керосин-а, литр скипидар-а.
Подытожим: можно говорить как хочу супа, так и хочу супу.