В данном случае речь идёт о родительном падеже множественного числа существительного женского рода "пекарня".
Само слово "пекарня" обозначает небольшое предприятие по выпечке хлебобулочных изделий.
В русском языке существительные женского рода, заканчивающиеся на -ня, в родительном падеже множественного числа в большинстве случаев имеют нулевое окончание: барыня (ед. число) - барыни (мн. число) - барынь (родит. падеж мн. числа), няня - няни - нянь, песня - песни - песен, двойня - двойни - двоен и пр.
Однако вместе с тем некоторые существительные женского рода на -ня в родительном падеже множественного числа имеют окончание -ей: пеня - пени - пеней, клешня - клешни - клешней, стряпня - стряпни - стряпней и пр.
Поэтому в случае сомнений окончательное решение о том, какую форму образует слово в родительном падеже множественного числа, следует принимать, сверившись с орфографическим словарём.
В нашем случае словарь В.В. Лопатина однозначно указывает: пекарен.
Пример. Много пекарен в городе - отличное качество выпечки.