Если простокваша - буквально "просто скисшее" молоко, то кефир - молоко "сложно скисшее". В отличие от простокваши, для получения кефира требуется не один, а два процесса брожения. Второй процесс - спиртовой.
Слово хотя и нерусское, пришло к нам не слишком издалека. Родина кефира - Северный Кавказ. Там живет множество народов, которые делают кефир. И похожее слово есть в разных кавказских языках, например, в мегрельском (один из народов, живущих в Грузии; у них есть слово "кипури" - простокваша, приготовляемая в мехе), осетинском и др. Другие варианты слова: кафир, кафарь, капир, кяфир, кэпы, гыпё. От какого слова произошло наше "кефир", понять трудно. Однако ученые, которые первыми описывали полезные свойства напитка, утверждали, что сами горцы производили это слово от "кэфи" - "лучшего кафества".
У нас слово появилось в конце XIX века, но в нынешнем виде сформировалось не сразу. Вначале его произносили и писали очень по-разному. Например, можно встретить написания "кафир", "кэфир".