На самом деле организм сжигает и жир, и мышцы параллельно. Именно поэтому в большинстве случаев при потере жира теряются и мышцы, а при наборе мышечной массы неизбежно появится и некоторое количество жировой.
Но вообще жир действительно задействуется одним из последних элементов. Потому что жир - это запас организма. Для аналогии давайте возьмем поведение человека. Если у него есть зарплата и кубышка в банке, то тратить на повседневную жизнь он будет зарплату, прибегая к кубышке только в крайних случаях, когда зарплаты перестанет хватать либо появятся непредвиденные расходы. Более, того, потратить зарплату проще - она всегда в кошельке и доступна, а чтобы добыть кубышку, нужно предпринять дополнительные усилия - выделить время, съездить в банк, отстоять очередь, заполнить документы, получить деньги в кассе.
Точно также поступает наш организм - тратит то, что предназначено на текущие расходы, а механизм расщепления жира (то есть "кубышки") более сложный изначально, поэтому запускается только при определенных условиях. Активизируют этот процесс гормоны, но мало расщепленный жир в кровь вывести, его нужно использовать как источник энергии, иначе он вернется обратно в "кладовую".