Я полагаю, что испарение воды происходит, и через неплотности молекулы воды выходят наружу в комнату. При этом объем жидкости в стакане уменьшается, чем суше воздух, тем больше воды испарится за ночь, зимой больше, ведь радиаторы высушивают воздух.
Пусть немного, но из комнаты на то место, которое занимала вода, будет проникать воздух из комнаты. В воздухе есть бактерии, споры плесени, клещи, пыль. И все это попадет на поверхность воды и качество воды будет ухудшаться, она станет грязной.
Можно точно рассчитать на сколько процентов уменьшится объем воды, сколько воздуха будет поступать в стакан и сколько миллиграммов пыли попадет в воду при разных температуре, влажности, запыленности, зараженности воздуха.
А теперь вспомним про коронавирус. Допустим, стакан стоит на тумбочке инфицированного человека, который еще не знает об этом, что он инфицирован, и он не пил воду, сказал об этом тому, кто зашел в комнату. Пришедший поперхнулся и ему предложили выпить воду. Возможно, что накопившиеся вирусы добавятся к тем, что посетитель вдохнет с воздухом... Впрочем, это уже паранойя. Но вот такое мое мнение, почему нельзя пить воду из стакана, который долго стоит, даже накрытый.