Эти очень похожие слова представляют собой форму третьего лица числа единственного от двух разных глаголов.
Есть глагол кроИть (кроЮ, кроИшь, кроИт) и глагол крыть (крОю, крОешь, крОет).
Глагол кроить изменяется по второму типу спряжения, а глагол крыть -- по первому типу.
Соответственно они имеют разные личные окончания в зависимости от типа спряжения.
А чтобы правильно написать эти слова, необходимо иметь предложения с ними или хотя бы словосочетания, из которых обычно и раскрывается смысловое значение слов. Без этого невозможно разобраться с окончаниями.
Например.
1) Пожалуй, с детских лет всем известны пушкинские строчки "буря мглою небо кроет..." из стихотворения "Зимний вечер".
Здесь имеется в виду, что небо покрывается, то есть однокоренное слово глаголу крыть.
Имеются и другие значения этого глагола, например, "ругаться, критиковать": Тимофей так кроет свою Матрену, что уши вянут.
2) Василиса -- прекрасная портниха: она кроит очень точно, с первой примерки все сидит ладненько.
А здесь употреблен глагол кроить, что определяется по смыслу сказанного.