Они различаются принципиально. Рассмотрим на примере всем более или менее понятного процесса разделения спирто-водной смеси (в простейшем случае - браги).
Можно налить брагу в обыкновенный чайник, хоть нагреваемый на плите, хоть электрический. Когда жидкость начнёт кипеть, из носика начнёт выходить пар (смесь паров воды и спирта). Если на пути этого пара поставить какую-нибудь посуду с налитой в неё холодной водой, так чтобы пар попадал на наружную поверхность, то он будет конденсироваться. Конденсат будет собираться в капли. Если под эти капли подставить стакан (кружку), то в нём (неё) соберётся дистиллят (то, что таким образом перегналось. Вот эта система будет простейшим, весьма несовершенным самогонным аппаратом. Для того, чтобы пары не терялись, всю эту систему перегонки "прячут" внутрь герметичного оборудования, но принципиально она ничем не отличается.
<hr />
Если в качестве сырья залить в аппарат 10 л браги (около 9-11 % спирта) и начать перегонять, то первые 100 мл отгона (дистиллята) будут содержать около 80 % спирта и 20 % воды. В следующих 100 мл содержание спирта будет ниже, например 60 %, в следующих ещё ниже и т.д. Когда отгонится примерно 3 литра, то следующие 100 мл будут содержать не более 5 % спирта, а возможно ещё меньше, поэтому дальше гнать нет смысла. Теперь представим, что мы объединили отгоны по 500 мл, получив 6 фракций. В головной фракции ("первач") содержание спирта будет около 70 %, в следующей меньше, и в последней около 10 %. Если мы возьмём какую-нибудь из средних фракций (например, содержащую 30 % спирта), и повторно разгоним её, то получим примерно по 250 мл, с содержанием спирта 40 % и 20 %. Объединив остаток, содержащий 20 % спирта со следующей фракцией (500 мл) получим 7502 мл смеси, содержащей 20 % спирта. Последующей разгонкой её можно разделить на более и менее крепкие. Совершенно аналогично, перегнав первач, можно получить в качестве начальной фракции даже 95 %-ный спирт и раствор с содержанием спирта например 60 или 50, % и т.д. Проведя все эти процедуры многократно, в конце концов можно получить чуть больше 1 л 95 % спирта и чуть меньше 9 л почти чистой воды, которая в лучшем случае, чуть сладковата на вкус (сильно разбавленный раствор этилового спирта имеет сладковатый вкус).
<hr />
Однако, сколько нам (Вам) пришлось повозиться. Аппарат "ректификационная колонна" выполняет всё это сразу, "за один проход", т.е. в сотни раз быстрее, так как процесс разделения и смешивания в нём совмещены и выполняются автоматически.