Чтобы ответить на вопрос, кому подчиняется водоканал, нужно внимательно посмотреть на официальное название организации. Как правило, Водоканал - это МУП, то есть Муниципальное унитарное предприятие. В случаях, когда в названии присутствует слово "муниципальный" организация подчиняется городу и его администрации.
Если возникают какие-то проблемы и требуется написать письменную жалобу на Водоканал, то действуют, как правило, по следующему алгоритму. Сначала пишут заявление на имя директора (руководителя). Если в первой инстанции меры не приняты (нужно знать время рассмотрения заявления), то пишется заявление уже в вышестоящую, то есть в администрацию города. Если и здесь результата нет, тогда - в администрацию края, и т.д. Также действенной мерой является обращение в Роспотребнадзор.
Сразу в вышестоящую организацию при проблемах с Водоканалом обращаться не стоит, поскольку, скорее всего, спросят, проходило ли разбирательство непосредственно с предприятием. Если нет, то могут отправить сначала туда. Опять же, так может случиться в описанной ситуации. Если есть какие-то грубые нарушения, например, санитарных норм, иногда лучше сразу идти в прокуратуру или в суд.