Если болят именно мышцы, то происходит это от того, что во время работы мышцы получали недостаточно кислорода, и в них накапливается молочная кислота. Её необходимо окислить, для чего в мышцы нужно подвести дополнительное количество кислорода. Для этого нужно ещё некоторое время поработать этими мышцами, но с меньшей интенсивностью.
<hr />
Проще объяснить на примере спортсмена, например биатлониста. Вот он приехал на соревнования. Думаете, что он дождался времени старта, "рванул", прибежал и лёг отдыхать? Если бы спортсмены поступали так, то они не смогли бы пробежать даже половину дистанции, свело бы мышцы, и на этом - финиш. На самом деле, за некоторое время до старта спортсмен делает "разминку", т.е. даёт мышцам какую-то нагрузку, не очень интенсивную, но чтобы они прогрелись, условно примем, что он пробегает дистанцию, составляющую какую-то часть той, которую ему предстоит пробежать на соревновании, но, с меньшей интенсивностью. После того, как закончена основная гонка, спортсмен проводит так называемую "заминку", т.е. скажем пробегает опять какую-то дистанцию, но с меньшей скоростью (интенсивностью).
<hr />
Вот и Вам, нужно за некоторое время до работы дать нагрузку ногам (походить, побегать, сделать приседания и т.п.) - т.е. произвести "разминку". После работы, отдохнув примерно полчаса, нужно опять дать нагрузку тем же мышцам, но менее интенсивную, чем во время работы, т.е. произвести "заминку". Тогда боль не будет возникать, а если всё же возникла, то пройдёт быстрее.