У этой проблемы существует два аспекта: лексический и морфологический.
Лексическая сторона проблемы заключается в том, что слова в языке умирают. Архаизмы покидают активный лексический фонд и становятся в разной степени непонятными. От названий вещей, которые вышли из употребления, но широко известны (взять хотя бы калоши) до таких мудрёных слов, значение которых знает не каждый лингвист. Вопрос о том, как учитывать такие слова, включать ли в список то, что знают единицы, исключать ли то, что легко восстанавливается по словарям, никогда не будет решён окончательно.
Точно так же дело обстоит с рождением новых слов. Путь неологизма в словари, то есть ко всеобщему признанию, сложен. Слово может быть в активном употреблении, а словари о нём - ни гу-гу. Бывает так, что неологизм успевает стать архаизмом, так и не будучи отмеченным в словарях. Такова была судьба множества заимствований петровской эпохи.
Морфологическая сторона проблемы учёта слов состоит в том, что синтетический характер русского языка даёт большой простор для словообразования. Любой носитель языка может сконструировать новое слово при помощи аффиксов. Этот источник личного словотворчества ставит проблему критериев учёта слов. Учитывать ли все потенциально возможные построения на основании одного корня или только те, что зафиксированы в письменных источниках? Если слово потенциально возможно, но никто до сего дня ни разу не написал его или не сказал публично, можно ли включать его в фонд литературного языка?
Как видите, сложностей предостаточно. Эти особенности свойственны вообще любому человеческому языку. Миф о том, что можно свободно владеть английским языком, зная лишь 3000 слов, порождён непониманием различий между корнем и словом. Будучи языком аналитическим, английский также оставляет достаточно широкий простор для словообразования. Для того, чтобы чувствовать себя уверенно, нужно овладеть 3000 корнями, что приводит к знанию и пониманию огромного числа слов, выходящему далеко за пределы трёх тысяч.
