Во-первых, МФЦ не является "регистрирующим органом". Он осуществляет первичный прием документов, проверяет личность участников сделки и статус объекта, а потом передаёт документы на регистрацию в Росреестр. В принципе нотариус делает всё то же самое, только за деньги, конкретно в Вашем случае:
Плюс за дополнительные 6000 рублей нотариус сам передаст документы в Росреестр (иначе участники сделки могут сделать это самостоятельно и бесплато через тот же МФЦ).
Вопрос: зачем же тогда нужен нотариус? Во-первых, ряд сделок требуют обязательного нотариального удостоверения, например, продажа имущества в долевой собственности, но это не Ваш случай. Во-вторых, считается, что нотариус "гарантирует сделку и отвечает своим имуществом, если что-то пойдёт не так". Но это не более, чем популярное заблуждение. На самом деле нотариус всего лишь гарантирует выполнение тех же действий при первичном приеме документов, что и в МФЦ, плюс распечатает Вам договор купли-продажи (Вы можете либо составить его самостоятельно, либо сделать его за 700 рублей в том же МФЦ). Ни за что больше нотариус не отвечает и в принципе не может знать никакие "подводные камни" по этой конкретно сделке - это просто не входит в его обязанности. Задача нотариуса - подтвердить, что к нему пришли продавец Иванов Иван Иванович и покупатель Петров Пётр Петрович, и что гр. Иванов является собственником объекта сделки по данным Росреестра, при этом обременения на сделку отсутствуют. И нотариус отвечает только в том случае, если накосячит на этом этапе (например, не идентифицировал личность участника сделки - с паспортом Иванова Ивана Ивановича пришёл Сидоров Сидор Сидорович).
Если же покупателя хотят обмануть и делают это профессионально, то нотариус, увы, ничем не поможет - разве что впоследствии, когда сделка будет отменена по решению суда, покупатель может судиться с нотариусом на предмет возмещения ущерба покупателю, но дело это отнюдь не очевидное.
Резюме: если сделка простая и у покупателя нет сомнений в личности продавца, то трата денег на нотариуса не даёт никаких преимуществ - в принципе, покупатель и сам может прозондировать почву, побеседовав с соседями и выяснив, действительно ли продавец является тем самым владельцем квартиры Ивановым Иваном Ивановичем, который живёт в этом доме 30 лет, а не арендатором, укравшим паспорт хозяина квартиры и теперь пытающимся её по-быстрому продать. На последнее стоит обращать внимание, если объект выставлен недавно и продаётся существенно "ниже рынка", если же квартира продаётся несколько месяцев и цена адекватна, то шанс нарваться на мошенников минимален.