Вы имеете право самостоятельно как физическое лицо задекларировать сумму дохода, с которой Вы хотите заплатить налог на доходы. Раз в год сдаёте декларацию 3-НДФЛ (за 2015 год срок сдачи до 1 апреля 2016 года), сумму налога оплачиваете до 15 июля 2016 года. В случае самостоятельного декларирования доходов как физическое лицо Налоговая примет в качестве дохода ту сумму, которую Вы "показали", не ввдаваясь в подробности поступлений на ваши личные счета.
В случае, если Вы будете платить налог как, например, ИП, Вы не будете иметь право использовать личный счёт для получения доходов от предпринимательской деятельности - нужно будет открывать расчетный счёт ИП. Теоретически можно часть дохода получать и на личный счёт, но при больших суммах Налоговая может это "увидеть" и заставить оплатить налоги и с этих поступлений.
Судя по Вашему вопросу, Вы оказываете услуги, поэтому лучше выбрать систему налогообложения в виде УСН.
Для исчисления налога по упрощённой системе налогообложения доходом будет считаться все, что поступило на расчетный счёт в качестве выручки от продажи Ваших товаров или услуг. Если, например, Вы сами пополните свой счёт ИП (есть такая возможность, иногда это бывает нужно, в назначении пишется "пополнение счета личными средствами"), то эта сумма не включается в доход (выручку).
Раз в год по "упрощенке" нужно сдать декларацию, а в течение года уплачивать авансовые платежи. УСН бывает с объектом "доходы" или "доходы минус расходы". В Вашем случае вряд ли подойдёт второй вид. Подтверждением дохода (выручки) для налоговой будет выписка с Вашего расчетного счета. Доходы в течение года нужно будет вносить в Книгу учета доходов и расходов, Налоговая иногда её проверяет и естественно сверяет с выпиской из банка.
ИП обязаны оплачивать страховые взносы в ПФР около 22 000 руб в год плюс 1% от суммы дохода, превышающего 300 000 руб. На сумму 22 000 можно уменьшить налог по УСН (доходы), если у Вас не будет сотрудников.
