В разных странах - разные традиции. Европейские страны, а также страны Востока - "кофейные". А в России традиционно больше "чаеманов". Не знаю, от чего это зависит. Может, климат влияет?
Лично я люблю когда то, когда другое - по настроению.
Если, например, после плотного завтрака (а я люблю позавтракать "как следует" - хороший кусок мяса с гарниром), то лучше кофе. Причем, не просто кофе, а кофе с какао. Подробнее я писал об этом здесь.
После жирной пищи - однозначно чай, причем, горячий.
И во второй половине дня предпочитаю чай, лучше всего зеленый, особенно в жаркую погоду, но это тоже зависит от настроения.
А, в общем, как учил меня один очень знающий доктор, которого, к сожалению, уже нет - "слушайте свой организм. Он - не дурак, и чего ему в данный момент хочется, то, значит, ему и полезно".
Кстати, в не столь давние времена и чай, и кофе считали вредными для здоровья напитками. Есть история о том, как один король решил проверить, какой из этих напитков более вреден. Я тут эту историю уже рассказывал - читайте в этом ответе.