Если внутри тесто пиццы не пропекается, то могут быть самые разные причины. Во многом зависит от самого теста, во многом - от "сборки", то есть количества начинки, толщины, на которую раскатали тесто или от длительности выпекания и т. д.
Еще здесь не указано, дрожжевое тесто или нет?
Если тесто не дрожжевое, то необходимо хорошо-хорошо замешивать, тогда тесто становится послушным, податливым, хорошо раскатывается, его можно сделать очень тонким. Выпекается такая пицца столько, сколько требуется, чтобы начинку подрумянить, - как правила она уже полуготовой идет на пиццу. То есть, недолго выпекается, но за счет однородной структуры прекрасно пропекается.
Если начинка чрезмерно влажная, то возможно, что тесто напитывает влагу глубоко, поэтому не пропекается. Поэтому начинку надо делать так, чтобы не было много соуса, первая должна быть не слишком влажной. Если отдельно промазывают соусом, то умеренно по той же причине.
Теперь, что касается дрожжевого теста: хорошо замешанное тесто, которое расстоялось до формирования пиццы и уже с начинкой подходит равномерно. Только крышку не стоит открывать! И пропекается очень хорошо. Возможно, что тесто сделано не достаточно податливое, надо хорошо замешивать и дать расстояться, дать в духовке побыть нужное количество времени, так как дольше выпекается: ему надо подойти, потом подрумяниться и пропечься.