А почему не в Microsoft Office Word, а именно в какой-то другой программе?
Программа Microsoft Office Word даёт не самые худшие результаты при проверке правописания, ошибки пунктуации так-же находит, согласно основным правилам русского языка. Может даже выдать справку о нарушенных правилах правописания. В общем и целом - Microsoft Office Word показывает неплохие результаты при проверке пунктуации в текстах, но некоторые ошибки всё-же может пропустить. Не часто но всё-же...
Есть ещё такая программа - ОРФО - которая как-раз и предназначена для проверки правил правописания и для выявления в текстах ошибок пунктуации, орфографии и грамматики. Так-же как и Microsoft Office Word, программа ОРФО осуществляет проверку текстов на наличие ошибок согласно основным правилам русского языка, и результаты выдаёт вполне удовлетворительные. Так-же и справки о нарушенных правилах может показывать.
Мне вообще кажется, что в программе Microsoft Office Word, модуль проверки правописания для русского языка идентичен такому-же модулю из программы ОРФО. Хотя может и нет. Всё-же одни и те-же правила проверяют обе программы. Но ОРФО как-то более качественно работает... наверное. В принципе результаты проверки пунктуации с помощью программы ОРФО - вполне удовлетворительные. "Авторскую" пунктуацию она конечно проверить не сможет, как и Microsoft Office Word. Всё исключительно "по правилам".
Не так давно появился онлайн-сервис - Орфограммка - который позиционируется в интернете как "... интеллектуальный веб-сервис проверки орфографии, грамматики, пунктуации и стилистики...". Сейчас этот сервис работает в "бета-версии", как-бы в тестовом режиме, и все услуги не нём пока бесплатные. Для начала работы на сайте нужно зарегистрироваться. Интерфейс вполне приличный, хорошо продуманный. С задачами по выявлению различных грамматических и стилистических ошибок справляется очень неплохо. Все ошибки при этом объясняются относительно существующих, общих правил грамматики. Хочется надеяться, что и в дальнейшем услуги проверки ошибок в текстах на этом сайте останутся бесплатными.