Я сейчас посмотрела, как разбирают по составу несклоняемое имя существительное "кафе" уважаемые интернет-лингвисты на различных уважаемых сайтах. И обнаружила, что их мнения разделились:
Одни предлагают сказать, что окончания у слова "кафе" нет. Вот скринчик:
Другие настаивают на том, что имеется-таки нулевое окончание. Тоже скрин, но я снабдила его красным знаком вопроса:
_
Слишком долго заниматься казуистическим мыслетворчеством мы не будем, а то запутаемся.
Я бы согласилась с вариантом, тогда окончание отсутствует. То есть нет ни выраженного, ни нулевого. Дело в том, что флексия (окончание) - это изменяемая часть слова. В общем-то, в его реальной изменяемости и находится его грамматическая суть. Окончание нужно русскому языку, чтобы распознать, например, падеж. В нашем случае падеж без контекста не распознаётся. Да и в контексте именительный будет совпадать и с предложным, и с творительным, и с любым другим. Кроме "кафе" нет форм. Так о каком же "нулевом" окончании может идти речь? Нулевое окончание непременно должно проявляться. Примеры практические этого проявления должны быть в наличии. Но нет таких примеров. Даже самый безграмотный из безграмотных затруднится, придумывая какие-то падежные формы. :)