Что-то много в пояснении к Вашему вопросу ничем не подкреплённых пресуппозиций.
"Если все науки происходят от науки Физика."
А если нет? Если мы говорим за научную дисциплину "физика", то она вообще в середине-конце 17-го века начала зарождаться и уж точно не могла быть первой из наук. Та же математика с геометрией точно была первее. А если вы к античным трудам будете отсылать, то там термин "физика" практически не отличим от термина "философия" и наукой, особенно в современном смысле, уж точно не является.
"если физика происходит от законов сохранения - несохранения"
Вы, по-моему, путаете физику как научную дисциплину и физику, как некоторые объективные процессы, происходящие в мироздании. Потому что научная дисциплина "физика" ну никак не могла выйти из законов сохранения, как и из любых других законов. Любые научные дисциплины - это продукт человеческого сознания, пытающегося описать и систематизировать окружающий мир. К физике, по крайней мере, это на 100% относиться.
"то какая связь этих принципов и законов с наукой методологией наук, научным методами, наукой логикой?"
Если вкратце и по-простому: если научные метод - это метод, свойственный конкретной дисциплине или ряду дисциплин, то логика - это метод самого человеческого мышления. Мышления, без которого невозможно любое действие или любая взаимосвязь с любой из наук. Логика - это то, что систематизирует наше мышление. Можно ещё так сформулировать: научная методология - это частный случай совокупности логических заключений. Сначала эксперемент, а лишь потом его результат. Сначала причина, потом следствие. Если найдётся человек, который будет уверен, что следствие предшествует причине, скажем, то никакой наукой он заниматься не может, а будет в дурдоме лежать.
Короче: законы физики - это объективные закономерности мироздания. Законы логики - это система последовательного мышления, которая позволяет нам в конечном итоге хотя бы частично фиксировать, описывать и находить всё новые закономерности в нашем мироздании. Поэтому связь прямая, но это связь между разными категориями. То есть законы физики и наука "физика" - это уже разные категории. А уж законы физики и логика - и того подавно.