Остаются, притом очень много.
В промышленном извлечении сока, в экстракторе, вначале извлекается легкодоступный сок, а потом в жом запускают воду, которая растворяет сок, находящийся в связном состоянии (все немного сложнее, но это детали). В результате извлекается вдвое больше сока без уменьшения концентрации.
В домашних условиях этого не добиться, т.е. вы извлекаете, максимум, половину сока.
таким образом, остается еще столько же сока в жоме. Но! Кроме сока в жоме остаются и другие нужные организму вещества, которые просто не попали в сок. Т.е. либо зажаты в клетках, либо не растворяются водой. А вот желудочный сок сможет их растворить и предоставить организму.
наконец, жом это, фактически, клетчатка. Которая используется и как строительный материал для организма и для очистки кишечника, как мягкая губка.
Потому и советуют не столько чистый сок, сколько свежие овощи и фрукты.