В приведенном Вами предложении нет сравнительного оборота. "Как бабочка", "как пчела" входят в состав сказуемого и без них предложение было бы грамматически неполно, поэтому запятые перед "как" не ставятся.
В качестве примера можно привести другое предложение, в котором оборот с союзом КАК входит в состав сказуемого и предложение без такого оборота не имеет законченного смысла: Она держится как хозяйка.
Правильным будет первый вариант, поскольку слово "непонятно" является наречием. "Не" с наречиями, как правило, пишется слитно. Слово "непонятный" тоже пишется слитно, т. к. явшяеся приагательным. Зато в словосочетаниях типа "никому не понятный" "не" отделяется.
Запятая не нужна, т.к. и шли, и качали относится к волнам, т.е. основа предложения- волны шли и качали, т.к есть союз и, запятая не ставится. Если бы камушки качались, тогда запятая была бы после неведомо куда.
В современном русском языке существуют оба варианта, а написание частиц "не" или "ни" зависит от смысла синтаксической конструкции:
- кто бы НИ был - пишем НИ, это усилительная частица, если речь идёт не просто об отрицании, а об усилении отрицания, например: Кто бы НИ был дома (т.е. всё равно, кто есть дома), никому не рассказывай о встрече. Дополню, что в такой ситуации частица относится к относительному местоимению "кто".
- кто бы НЕ был - пишем НЕ, отрицательную частицу при отрицании, причём частица относится к глаголу, например: Кто бы НЕ был хорош при такой жене?
Вообще-то, когда говорят о небольшом количестве времени, то слово "час" (или "минута") употребляют обычно в уменьшительно-ласкательной форме - часок, часик, напр., урвал, выкроил, улучил часок, забежал, заехал на часок, погуляли часик, заглянул на минутку и т.д.
Ну а если предполагается чуть больше времени, чем час, то это "часок-другой", пишется через дефис, напр., погулял часок-другой. Но правильно будет сказать/ написать о времени и не в уменьшительном, а в более серьёзном смысле, как "час-другой", напр.: "Час-другой я ещё подожду, но потом уеду".
Однако в ином контексте могут действовать другие правила, напр.: "Мы ждали. Но прошёл час, другой, а карета так и не появлялась...". Здесь речь идёт о продолжительном времени и, чтобы не повторяться, в предложении в стилистических целях пропущены слова: "Но прошёл час, (прошёл и) другой (час), а карета...". Поэтому при перечислении стоит запятая.
