У многих русских слов с сочетанием согласных чн в их середине нормативным является произношение звуков [шн], например, как в этих словах:
двоечник, двоечница, яичница, перечница, горчичник, девичник, пустячный, конечно, нарочно, сердечный (друг), скворечник, скворечня, скучно, тряпочный, тряпичник.
В словах двоечник, двоечница звучит [шн], а пишем "чн".
Если разобрать слово "двоечник" по составу (дв-о-еч-ник_), то выясним: что часть -еч- -это суффикс, который есть также в слове "двоечка.
А вообще просто нужно знать эту орфоэпическую норму русского языка и следовать ей, произнося правильно слова "двоечник", "двоечница".