Нет, хотя граница в значительной степени размыта.
Фундаментальные науки, будучи не обязательно академическими, изучают основы. В частности основы строения Природы - законы, универсальные для всех процессов и определяющее всё остальное во Вселенной. С этой точки зрения известное высказывание Резерфорда о том, что "науки делятся на физику и коллекционирование марок", не столь уж далеко от истины, потому что все остальные науки так или иначе базируются на достижениях физики и на законах, в ней устанавливаемых.
Хотя в современном понимании фундаментальные науки, разумеется, не ограничиваются одной лишь физикой. Ведь фундаментальность означает не столько постижение основ, сколько постижение законов, универсальных для данной отрасли знаний и способных помочь в разработке множества разных прикладных направлений.
Поэтомудля современного мира столь же важно и понимание основ биологии, которая вот так прямо к физике не сводится. Фундаментальной вполне можно считать и химию - ведь исследования тонкостей химических процессов и явлений потом может быть применено в самых разных сравнительно узких направлениях.
"Академическая" наука - это понятие более широкой и, вообще говоря, не ограничиваемое естественными науками. В принципе, академической наукой может быть, например, история, или археология, или лингвистика... Если попробовать определить академическую науку "на обывательском уровне", то это наука, не связаная непосредственно с производством. Связанная с производством наука в этой трактовке - наука отраслевая или прикладная. Например, теория графов или теория абстрактной арифметики - науки академические, а вот тесно с ними связанные алгоритмы логистики или шифрования, то есть то, чем занимается теоретическое программирования, - это уже прикладные науки. Сходные примеры можно придумать и для других областей науки.