Для начала я бы рассмотрел их первооснову - понятия "паковать" и "упаковывать".
Паковать - это значит что куда-то компактно укладывать, например, в коробку, контейнер, чемодан.
Упаковывать - это значит что-то чем-то обёртывать, например, упаковочной бумагой.
Иногда эти понятия тесно сближаются, например, когда что-то при паковке не укладывается в готовый контейнер, а компактно складывается и потом оборачивается упаковкой, т.е. ещё и упаковывается.
Ну, а после того, как мы тут немного различили эти исходные понятия, то процесс их переделки - перепаковать или переупаковать, тоже становится нам различим.
Перепаковать можно, например, чемодан с вещами, уложив их более компактно, если что-то туда изначально не помещалось.
А переупаковать можно какой-то набор предметов в пакете, если этот пакет начал рваться, или нашёлся более симпатичный пакет, нежели первый (ну, это уже более по женской части).