"Рано или поздно" всяко подразумевает, что в любом случае. Так что бедному огороднику, как не крути, всё равно придётся бороться с этой ненасытной морковной мухой, без вариантов (и даже "как не крути", "без вариантов" и "всё равно" тоже с точки зрения смысловой нагрузки - вполне альтернатива). С незначительными нюансами заменить можно хоть так, хоть эдак:
Основная проблема, с которой в любом случае столкнется любой огородник, посадивший морковку, - это нашествие морковной мухи.
Основная проблема, с которой обязательно столкнется любой огородник, посадивший морковку, - это нашествие морковной мухи.
Основная проблема, с которой всегда столкнется любой огородник, посадивший морковку, - это нашествие морковной мухи.
И даже так:
Основная проблема, с которой неизбежно столкнется любой огородник, посадивший морковку, - это нашествие морковной мухи.