Военачальник или "военноначальник"?
Чтобы выбрать правильное написание, установлю, что это сложное существительное, которое образовано сложением двух основ слов:
вое-началь-ник_ - корень/корень/суффикс/окончание.
По идее в этом сложении участвовали два слова: военный + начальник.
И тогда хочется написать это существительное в виде "военноначальник". Но это неграмотное написание.
Сравним, как пишутся сложные слова с начальным воен-:
военпред, военком, военрук, воентехник.
Существует такое маленькое правило орфографии, что в сложных словах, образованных с усечением первой основы, двойное написание согласных не употребляется, например:
граммофонная пластинка - грампластинка;
военный руководитель - военрук.
В образовании рассматриваемого сложного существительного принимают участие основа слова вое- (вой-н-а), поэтому правильно напишу военачальник.
Возможно, здесь произошло наложение одинаковых звуков друг на друга:
вое-н + н-ачальник = вое-н-ачальник.