Существуют орфоэпические нормы в русском языке, в соответствии с ними в некоторых словах пишется сочетание букв чн, но произносится оно как шн, например, двоечник, подсвечник, скучно, пустячный, прачечная и др.
Вот и существительное скворечник, а также однокоренные слова "скворечница" и "скворечня", проговариваются со звуками шн не только в начальной форме, но и в падежных (дети построили много сквореШ)ен.
В словарях обычно обращается на это внимание, особенно в орфографических.
Есть в нашем русском языке и такие слова, в которых сочетание чн как пишется, так и произносится, например, прочность, точность, тактичный, срочный, практичный.
А есть слова с вариативным произношением, например, слово сердеЧНый так произносится в сочетании с существительным "приступ", а в сочетании с существительным "друг" произносится как сердеШНый (друг).
И наконец огромная группа слов, имеющая в своем составе сочетание букв чн, при произношении не изменяющемся. Обычно такое произношение чн, совпадающее с правописанием, относится к новым словам (симпатичный, ленточный).
Ну а существительное источник как раз относится к современным словам, и будет совсем непонятно, если человек станет произносить истошник, о чём очень хорошо написал уважаемый De-nn.