Ну, про Дюймовочку и так понятно - биологический гибридный организм, ведь появилась она из бутона тюльпана, который очень быстро вырос из волшебного семечка, данного бездетной женщине колдуньей.
Так что все с витаминами и гормонами у неё в порядке - возможно так и задумывалось, и её рост в 2,5 см вполне нормален для волшебной девочки, которая пряталась в цветке.
Вот с Мальчиком-с-пальчик другая история, у него были братья, причем нормального роста, и только у него проявилась эта беда с ростом. Прежде всего приходит на ум проблема с гипофизом, ведь это именно он определяет каким вырастит ребенок - нормальным, гигантом или лилипутом.
Нехватка какого-нибудь одного витамина так не сказывается, вот целый комплекс и приводит к авитаминозу, рахиту, замедлению обмена веществ. Не зря автор подчеркнул о бедности этой семьи и плохом питании детей. Так что нехватка многих витаминов, гормонов, макро и микро элементов проявилась ещё во внутриутробный период - когда мама Мальчика-с-пальчик была им беременна.