Если по Фрейду, то:
Душа = подсознание или "Оно"
Дух = супер-эго или "Сверх Я"
Оба этих фактора воздействуют на "видимую" или "понятную" часть личности человека - Эго или "Я". Они формирую Эго, посредством навыков, привычек, влечений, формируют человеческие цели и систему ценностей.
Отличие в том, что для "Сверх Я"-Духа больше свойственны волевые проявления, в то время как "Оно" -Душа основано на системе страхов и детских психо(душевных)травм<wbr />, а так же положительном эмоциональном опыте.
Основа же "Я"-логика выгоды, что лучше послушать, уже сформированные желания или попытаться сформировать новые, что конечно является волевой доминантой. Вы отказываетесь от чего-то здесь и сейчас, чтобы обрести некую неясную выгоду, сформированную только на уровне фантазии или цели в неком будущем.
Кроме того, так как основа Души закладывается в детском возрасте, то она изначально она формируется без влияния личностной воли. Отсюда и идея создания Души из частицы Духа, хотя этот Дух иного рода, так как берет начало в личности родителей или воспитателей маленького человека. В то время как Дух-"Сверх Я" является непосредственной частью сформированной личности. Отсюда начинаются споры: является ли Дух единым или частным, то есть все эти споры о едином Боге или человеке как уже Боге, то есть весь теизм, и весь атеизм, и прочее.
Загадка может лежать в основе человеческой памяти, как основной структуры человеческого мозга, отвечающей за человеческое поведение. То что вы помните хорошо, и то чем вы пользуетесь постоянно для оценки своих действий, это ваше "Я". Однако на эти выборами, то есть выбором почему вы выбираете именно эту ячейку памяти а не другую для оценки, оказывает сильное неявное воздействие ваше подсознание, то есть некие моменты памяти, вызывающие сильные эмоции, к которым вы не обращаетесь постоянно.
<hr />
Так же в человеческом(у животных тоже есть, но выражена меньше) мозгу есть группа "Зеркальных нейронов". Они формируют некие варианты возможных оценок, или возможные развития ситуаций, в них человек видит некое отражение своих желаний и страхов в более совершенном( не всегда значит лучшем), явном и четком проявлении. Эту область можно ощутить, если попытаться представить, что ваш мозг это ваша клетка, но с другой стороны вы это не только ваш мозг.
Здесь также берут начало сомнения в Боге, как же так если он есть почему он не проявляется, то есть не имеет явного проявления. В этот момент некоторые делают заявление, что Бог он является всем, то есть и Духом-Отцом(основой, котороя формирует душу) и Духом-Сыном(то есть сформированным Я или даже всей личностью) и Святым-Духом( то есть всем не зависящим от первых двух фактором, всей областью случайных вариантов развития событий и несформированными областями "Сверх-Я" и "Оно" и прочего рандома, а может и предопределенности). А кому то достаточно заявить, что есть еще и великая неопределенность, как некая область незнания, которая является причиной первых двух проявлений, основу которой можно все-таки встретить в реальной жизни. Ну и прочее.
Короче говоря, концепция Души и Духа, их связи и их противопоставления является основой многих, если не всех идеологических и философских концепций.