Фразеологическое выражение "сводить (свести) счёты (в кем-то или с чем-либо)" лексически восходит к процессу взаимных платежей, расчётов деньгами. Таким образом, устаревшее значение сочетания "сводить счёты" было более буквальным.
Сейчас устойчивое сочетание "сводить счёты" фактически стало стопроцентным фразеологизмом. Вместе с исчезновением буквальности появилась образность.
Когда говорят "подожди-ка, я всё-таки сведу (с ним, с тобой, с ними, с вами) счёты, вот пусть только время придёт", то имеют в виду: "я ещё рассчитаюсь с ними (с вами)" (не деньгами, а отмщением, таким же или более грубым поведением, предложенным кем-либо стилем).
Сведение счетов, разговор об этом - это, по сути своей, угроза, если замышляется месть за оскорбления и прежние обиды. Это обещание расплатиться за какие-то унижения.
Для справки: "когда говорят "свёл с жизнью счёты", то подразумевают, что убил себя сам, за что-то "обидевшись" на жизнь.