Если брать фото автора вопроса, то здесь явно прослеживается несколько разных кладок, т.е. на один фундамент строился новый дом, потом ещё достраивался. В былые времена так часто делали, когда фундаменты использовались для нового строения - экономия материала, сил и времени.
Если брать по существу вопроса, то причин "врастания" домов в землю несколько: накопление культурного слоя (когда мусор, грязь, дорожки, мостовые постепенно поднимаются над уровнем фундамента); проседание фундамента под тяжестью строения; подтопления и в результате заносы фундамента принесённым материалом (и др. катаклизмы).
Например, Рим стоит на домах, построенных несколько тысяч лет назад, под ним целый город. Многие города построенные колонизаторами Америки стоят на фундаментах разрушенных городов индейцев. В России можно найти множество примеров, когда заместо деревянного храма, на старом фундаменте, построена новая каменная церковь, причём старый фундамент наращивали новым (укрепляли). Через века уже никто не помнил как строился храм, а при реставрации в подвале находят вход ещё в один подвал, более древний.
Цоколь одного из храмов двенадцатого века Боголюбского монастыря Владимирской области.
Здесь явно различие между аккуратным хорошо выполненным цоколем и упрощённой кладкой верхнего этажа.
Если смотреть на откопанную часть политехнического музея, то создаётся впечатление, что эта часть не от него.
Строительство музея было затянуто, хотя деньги были, и первоначальный проект был сильно изменён. Это могло произойти от того, что при начале строительства было найдено более старинное разрушенное здание, что заставило вносить корректировки в проект.