Просто наш организм не привык к такой глубокой тепловой обработке пиши.
В микроволновке идут разрушения уже на субмолекулярном уровне, то есть, структурно, гораздо глубже, чем при простой тепловой обработке. Поэтому, при приготовлении в микроволновке, разрушение структуры пищи идет глубже, вещества, несущие вкус и запах сильнее разрушаются и это ведет к деградация запаха и вкуса приготовленной пищи. Еда из микроволновки более "пресная".
Если часто готовить в микроволновке, то идет привыкание и потом уже не замечается как большая разница. Но для людей с тонким вкусом, эта разница весьма ощутима.
Например, когда была возможность, готовил еду в стеклянной посуде на электроплитке с регулируемой электроникой температурой. Масса приятных вкусовых ноток. Да и живот практически не болел. (но тогда деньги были ...).
Если вы замечаете разницу, значит вы ещё не утратили тонкий вкус.