Нет, это не совсем стилистический нюанс, а скорее лексический выбор, обусловленный в данном случае синонимическим значением союзных слов «где» и «в которой», вводящих определительное придаточное предложение:
- Деревня, где скучал Евгений, была прелестный уголок...
- Деревня, в которой скучал Евгений, была прелестный уголок...
Оба придаточных предложения отвечают на один вопрос: Какая деревня…? (придаточное определительное)
Обе структуры, вводящие придаточное предложение, являются союзными словами, потому что являются в придаточном членом предложения, отвечая на вопрос «Где скучал Евгений?», а именно – обстоятельством места, т.к. могут быть заменены в (1) – «там скучал Евгений», в (2) –«в деревне скучал Евгений».
Обе структуры - «где» (местоименное наречие) и «в которой» (относительное местоимение) - имеют полностью или частично совпадающие значения, то есть являются синонимами. Разница (оттенки смысла) этих конструкций в том, что наречие – более специализированная часть речи для обозначения места, чем местоимение. Можно предположить, что Пушкину оно больше подходило по его замыслу - просто назвать место, в котором скучал Евгений, а не давать определение деревни, в которой… и т.д. Эта местоименная структура, во-первых, «относительная», т.е. предполагает более подробную характеристику её «отнесённости» к Евгению, что явно не входило в намерения автора, а во-вторых, это более громоздкая структура (два слова), так что вполне возможно, что она не только по смыслу, но в данном случае - только лишь в качестве второстепенного фактора - и стилистически не подходила к лёгкому поэтическому стилю Пушкина.