Вычет - это установленная законом сумма, на которую можно уменьшить налогооблагаемую базу при расчете налога. Вычетом он называется потому, что в прямом смысле слова вычитается, т.е. минусуется.
Для налога на доходы физических лиц налогооблагаемая база - это доход. Вычет на приобретение недвижимости - это сумма расходов, связанных с покупкой (в данном случае - квартиры).
За какой период они берутся? За тот, который так и называется "налоговым". Для конкретно этого налога такой период - календарный год, промежуток времени от 1 января до 31 декабря.
Иными словами: налог на доходы физических лиц рассчитывается за календарный год, каждый январь - с чистого листа и нарастающим итогом до самого декабря. И в расчет принимаются все доходы, полученные за год, и все расходы за тот же год, которые можно (есть право) взять на вычет. Единственное, что нужно иметь в виду: право на имущественный вычет возникает не в момент оплаты, а с даты оформления права собственности на приобретенную недвижимость (для новстроек - с даты подписания акта приема-передачи).
Так что неважно, когда приобретена квартира - в начале года, в середине или в конце. Если право собственности на нее вы успели оформить до 31 декабря, вычет можно заявлять и применяться он будет к доходам всего года целиком.