Напишу свою версию. Почему версию - потому что не считаю себя достаточно грамотным в вопросах религии.
Мне видится, что "НО" появилось по причине смыслового ситуационного противопоставления.
Эта причина - в неравнозначности слов "не введи нас..." и "избавь от лукавого". Но не в буквальном смысле, а в подоплёке обращения к Богу.
Первое ("не введи нас...") зависит от Всевышнего. Оно в его полной власти и воле.
Второе ("избавь от лукавого") связано с борьбой добра и зла, Господа и Дьявола.
Они неравнозначны, потому что борьба ещё идёт и не полностью в воле Бога (т.к. Дьявол не сдаётся).
Это скорее, как надежда, что придёт время и здесь на Земле будет так, как в Царстве Божием. А пока, смысл обращения - стать ближе к этому Царству, стремление к его миропорядку, если не в земной жизни, так после неё
<hr />
Ещё раз прочитал своё предположение и остался им недоволен. Чувствуется "притянутость".
Просматривал разные статьи, к сожалению не нашёл нужного. Но, возможно, всё дело в раннем старославянском языке (не на том, котором говорили - он быстро менялся под влиянием диалектов), а тот, который имел место при переводе христианских рукописей.
В одном из источников натолкнулся на информацию, что союз ДА был подобен НО и И.
Написано сжато, поэтому всё это "не факт" и стоит попытаться найти другие статьи. Но, если это верно, тогда вопрос - этимологический. И вместо "НО" можно подразумевать и "ДА" и "И"