С чего бы им быть русскими? Они из Св. Писания пришли, а там о русских - ни слова, вот незадача-то! Сплошные евреи, арамеи, филистимляне, египтяне, римляне, ещё кто-то, и ни одного славянина не нашлось.
Имена Иван и Марья хоть и являются по происхождению еврейскими именами, попали в древнерусский язык через греческий, а уже потом на месте прибытия подверглись дальнейшим фонетическим изменениям, особенно имя Иван, так что от первоначального варианта там почти ничего и не осталось кроме звука [н]. Имени Марья "повезло" больше - в нём сохранилось 3 звука от исходного "Мириам".
Так что в том виде, в каком Вы их назвали, имена Иван и Марья являются исконно русскими, ибо в других языках они звучат иначе.
Да, по-сути, ничем. Если только Иоанн- это церковное имя. Раньше в Древней Руси носили этакое имя. Но сейчас как-то будет странным для нас, чтобы носили такое имя в обществе. Поэтому в основном Иван. Сейчас, конечно, могут носить имя Иоанн, но только, если служат в церкви или в храме.
Мгновенно вспоминается знаменитейшее полотно Ильи Репина "Иван Грозный и сын его Иван 16 ноября 1581 года", больше известное под названием "Иван Грозный убивает своего сына".
Затем сказочная картина Виктора Васнецова "Иван-царевич на Сером волке".
Наконец, у замечательного пианиста и композитора Сергея Танеева есть кантата "Иоанн Дамаскин". Эту величественную кантату двадцативосьмилетний композитор посвятил памяти своего любимого педагога Николая Рубинштейна.
На мое "ухо" лучше всего сочетаются с отчеством "Львович" имена, которые заканчиваются на буквы л, н, м и на гласные.
Самое удачное, на мой взгляд - Михаил Львович. Получается плавно, имя "перетекает" в отчество. В имени Кирилл немного "тормозит" внутренняя "р", хотя при известной сноровке тоже можно научиться говорить быстро и плавно - Кирилл Львович.
Еще одно удачное сочетание - Константин Львович. (Вспоминаем Эрнста). Получается внушительно и аристократично.
Легко произносятся имена на и краткое: Николай Львович, Тимофей Львович.
Мария, Ангелина, Наталья, Надежда, Ирина, Алиса, Ева, Маргарита, Кира, Элина, Диана, Виктория, Валерия, Полина, Арина, Алина, Яна, Лада, Инга, Лидия, Юлия, Милена, Эмилия. Отчество длинное и гармоничнее будет звучать короткое имя, мягкое.