Вы совершенно правы: относительно корня в слове "трудность" существуют разные мнения.
Одни учёные исходят из производящей основы, от которой данное слово образовано, но учитывают его "современность".
Например, в словообразовательном словаре А. Тихонова (2014) мы видим, что он выделяет корневую морфему "трудн-", более того - слова "трудиться" и "трудный" (производящее для "трудность") разведены по разным словообразовательным гнёздам:
В этимологическом словаре А. Семёнова указывается на производность слова "трудный" от слова "труд":
Лингвист З. Потиха считал, что слово "труд" -основное для других ОР и выделял, например, в основе слова "трудный" (как и в "трудности") корневую морфему "труд-" и суффикс "-н-".
В морфемно-словообразовательном словаре, изданном Казанским ГУ в 1997-м году, отражен двойной подход к выделению корня в производных от слова "трудный": основа слова членимая -"труд/н-" и нечленимая "трудн-".
Таких разночтений в РЯ много, их не стоит пугаться. Просто и учителя, и школьники, и студенты должны об этом знать.
Главное, чтоб слова образовывали, говорили и писали правильно, поскольку морфемный разбор - это только "помощник" в процессе обучения РЯ.