Слово Искупать в значении мыть, купать, и слово Покупать в том же лексическом значении несомненно оказываются однокоренные.
Слово Искупать в значении исправлять вину и слово Покупать в значении брать товар, также оказываются однокоренными.
А вот слова Искупать как помыть и Покупать, как купить - слова не однокоренные, поскольку исторически происходят от разных слов.
Слово Искупать оказывается инфинитивом первого спряжения, которое обладает окончанием -ТЬ.
Однокоренными словами оказываются: Искупать-Купать-Купальня.
Следовательно корнем слова Искупать будет морфема КУП-.
Далее выделим в составе слова Искупать приставку ИС-, суффикс глагола А-
В значении Исправить однокоренными словами будут Искупать-Искупление-Искупитель-Выкупить-Купить.
Морфемный состав оказывается тем же, но корень имеет разное лексическое значение.
Получаем: ИС-КУП-А-ТЬ (приставка-корень-суффикс-окончание), основа слова: ИСКУПА-.
Слово Покупать оказывается инфинитивом первого спряжения, которое обладает окончанием -ТЬ.
Однокоренными словами оказываются: Покупать-Купить-Покупка-Купля.
Следовательно корнем слова Покупать будет морфема КУП-.
Далее выделим в составе слова приставку ПО-, суффикс глагола -А-.
Получаем: ПО-КУП-А-ТЬ (приставка-корень-суффикс-окончание), основа слова: ПОКУПА-.