Глагол из вопроса, как и довольно большое количество слов в русском языке, обязан своим происхождением латинскому языку. Латинское слово commentum переводится на русский язык как вымысел, выдумка. Латинский глагол commentari имеет значение обдумывать.
Как мы видим латинские слова-предки русского глагола ком*ментировать пишутся с двумя m ( -mm- ), что в русском языке передается при помощи двух согласных букв м ( -мм- ).
Глагол ком*ентировать, так же как и имя существительное комментарий, являются словарными словами.
Их орфография закреплена в орфографических словарях русского языка. Правописание этих слов следует просто запомнить.
Правильно пишем комментировать.
Имя прилагательное из вопроса образовано при помощи суффикса -н- от имени существительного класс. Двойную букву с в этом существительном никак не проверишь. Слово класс относится к словарным словам, орфограммы в которых закреплены в орфографических словарях русского языка и не "подчиняются" никаким правилам. Их правописание следует просто запоминать.
Слово класс является словарным словом в списке словарных слов для 1-4 классов общеобразовательных школ, занимающихся по учебным программам Бунеевых, Рамзаевой, Узоровой, Кондаурова, Сергеева, Пронина.
Поскольку слово класс пишется с двумя согласными буквами с, то и производное слово классный тоже следует писать с -сс-.
Глагол об орфографии которого идет речь в вопросе, образован от имени существительного программа при помощи суффиксов -ир- и -ова-.
Имя существительное программа обязано своим происхождением греческому слову πρόγραμμα, означающему приказ, объявление, публикация. В греческом написании слова видны две буквы μ ( -μμ- ), которые сохраняются в русском существительном программа в виде двух согласных букв м ( -мм-).
Существительное программа является словарным словом. А в глаголе програм*мировать двойная согласная буква м пишется по правилу: в словах, образованных от основ, оканчивающихся на две одинаковые согласные, двойные согласные перед суффиксами сохраняются. В слове программа основа программ-.
Правильно нужно писать программировать.
Слово "иррациональный" пишется с двумя согласными буквами р на стыке приставки и корня. Сравните со словом "рациональный". У "иррациональный" - противоположное значение.
Приставка ир- как раз образует прилагательные и существительные со значением отсутствия признака или явления. Поэтому в данном случае необходимо удваивать р.
Правильно писать "грамм".
Слово "грамм" является словарным словом. Не требующим проверки. Его необходимо, просто, запомнить.
Килограмм, миллиграмм и пр. так же необходимо запомнить, у них обязательно пишется удвоенная -м-.
Для лучшего запоминания словарных слов чаще практикуйте чтение художественных книг.