Атом водорода состоит из протона и электрона. В школе нас учили, что электрон вращается вокруг ядра (протона). Но этот пережиток идёт ещё со времён планетарной модели атома водорода, предложенной Бором. Впоследствии было установлено, что планетарная модель неверна, и от неё отказались. Но вот от представления о том, что электрон вращается вокруг протона (в общем случае, электроны в атомах вращаются вокруг ядер) отказаться забыли, и вот по инерции мышления все продолжают писать, что электрон вращается вокруг ядра, хотя мне не известны доказательства такого вращения. Однозначно можно только утверждать, что атом состоит из ядра и электронов. Поскольку ядро атома водорода представляет собой просто протон, можно утверждать, что атом водорода состоит из протона и электрона. А уж как они между собой взаимодействуют, пока одному богу известно.
Но, вернёмся к нашим баранам, т.е. к вопросу. Масса электрона примерно в 1840 раз меньше массы протона. Поэтому, если выражать массу атома водорода и массу протона в единицах массы электрона, то получится, что масса протона - 1840, а масса атома водорода - 1841. разница очень невелика.
Размер протона оценивается порядка 10^(-13) см, или иначе (10^(-15) м). За размер атома водорода принимают размер пространства вокруг ядра (протона), в которой может находиться электрон. Теоретически, электрон может находиться в любом месте, на любом расстоянии от ядра, но можно выделить какую-то область с максимальной вероятностью. Представьте себе, что на Вас налетел рой мошек. Одни находятся близко к Вам, другие дальше. Но если рой состоит, к примеру, из миллиона мошек, то 900000 из них будут находиться от Вас на расстоянии не более 1 м. Аналогично, усредняя все возможные положения электрона относительно ядра (протона) получают некоторую сферическую область радиусом порядка 10^(-8) см, или иначе 10^(-10)м. Таким образом, если представить себе, что удалось увеличить атом водорода в 10^13 раз, то получится примерно такая картинка: вокруг горошины диаметром около 1 см вьётся рой мошек, и размер роя достигает 1 км.
О размере электрона пока вопрос не стоит, во всяком случае, я не настолько хорошо знаю физику, поэтому я не знаю, ставят ли физики вообще перед собой такой вопрос.