Для охраны реки Вилюй в наши дни в Якутии предпринимаются различные мероприятия по улучшению экологии реки. И связано это повышенное внимание из-за Вилюйской ГЭС, которая нанесла большой ущерб Вилюю ( при строительстве были затоплены леса, в результате чего, в воде скопилось повышенное содержание фенола). Исчезли многие виды ценной рыбы, изменились климатические и гидрологические условия.
Данная гидроэлектростанция была и остаётся необходимостью, помимо того, что она снабжает энергией несколько районов Якутии, благодаря ей успешно ведутся разработки и добыча на алмазных месторождениях.
В Якутии очень серьезно относятся к проблемам экологии Вилюя, активно приглашают ведущих экспертов, учёных, специалистов- экологов.
В рамках государственной программы "Охрана окружающей среды на 2012-2019 годы" были реализованы следующие мероприятия: создание лабораторий, комитеты и инспекции по охране природы, которые постоянно проводят контрольно- надзорные мониторинговые мероприятия. Ежегодно исследуется около 2тыс. проб природных сред.
Местное население очень заинтересовано в улучшении экологической обстановки в бассейне реки Вилюй, проводят различные акции, митинги.