Схожее по имени Филя - уменьшительное от Филипп.
Издавна на Руси именем Филька называли холопов, слуг, которые обычно не отличались сообразительностью - простым и наивным.
Знатного человека назвать таким именем считалось оскорблением.
Появление выражения "филькина грамота" исходит к 16 веку - ко временам Ивана Грозного.
Иван Грозный вел борьбу за доступ к морскому пути по Балтийскому морю - одной из возможностей развития торговли.
Параллельно в те времена велись многочисленные войны: Польша на западе, Швеция на севере, татары - на юге, плюс борьба со своими боярами, которые стремились захватить власть.
Из-за предательства бояр Иван Грозный отказался от царской власти и уехал в Александровскую слободу, куда приехала целая делегация уговаривать его вернуться на престол.
Царь вернулся при условии выделения ему особенных владений - опричнины, куда селились преданные ему бояре (опричники), а простолюдинов выселяли на задворки.
В стране установился террор опричнины - никто не посмел перечить царю под страхом жесточайших пыток и смертной казни.
Лишь единственный человек открыто осуждал беспредел опричников - Митрополит Московский Филипп (Федор Колычев), и его грамоты царю приводили последнего в бешенство.
Царь эти грамоты называл "филькиными", выражая тем самым презрительное отношение к митрополиту.
В наше время выражение употребляют, когда хотят показать безграмотность документа, отсутствие в нем значения.