Ээ... да почти всем отличаются. Не говоря уж о том, что у них даже единицы измерения разные. Ёмкость конденсатора измеряется в фарадах (1 Ф = 1Кл / 1 В), ёмкость аккумулятора измеряется, в общем-то, в кулонах, потому что ма-часы или А-часы - это в итоге кулоны (произведение тока на время).
Сходного у них то, что и там, и там, запасается энергия. Но вот физика, стоящая за этим, весьма различная. И отличается одна ёмкость от другой прежде всего тем, сколько электричества (или сколько энергии) может запасти рассматриваемый девайс.
Максимальная энергия данного конденсатора по сути бесконечна. Она ограничена лишь его максимально допустимым напряжением. Максимальная энергия данного аккумулятора конечна, ибо конечно количество ионов, за счёт которых достигается эффект аккумулирования энергии. Энергия, запасаемая каждым отдельным ионом, определяется его электрохимическим потенциалом, так что сколько ионов - на столько и надо умножить "энергоёмкость" каждого иона.
Отличается и нагрузочная кривая устройств. Для конденсатора зависимость напряжения от оставшегося в нём заряда линейна: напряжение тупо пропорционально заряду. Для аккумулятора всё не так - напряжение на нём почти постоянно (и соответствует химическому потенциалу того иона, на котором работает аккумулятор) и в процессе его разряда меняется весьма незначительно. По мере разряда меняется лишь число ещё "не использованных" ионов, но не напряжение не его зажимах. И лишь когда все ионы перешли в нерабочее состояние, напряжение резко снижается.