Допустим, меня фраза "Так принято" раздражает так же, как и всех остальных. Только проку в этом раздражении - ноль. Раз вам так отвечают на ваши вопросы, это лишь означает, что остальные сотрудники следуют правилам и устоям, заведенным в организации, без высказывания недовольства. И это, реально, просто традиция. Думаю, раздражает такой факт не только вас - многие недовольны вынужденным расставанием с заметными суммами денег, никак не запланированными и нежеланными. Но смиряются и сдают.
Вариантов в случае с такими обычаями на работе я вижу всего пару. Первый - спокойно поговорить с начальником, донеся до него идею, что, вопреки всем "так принятым" традициям, вы сдавать деньги будете только лично и лишь по своему желанию. В этом случае рискуете потерять благожелательное отношение руководства, да заодно и простых коллег, безропотно расстающихся с деньгами в таких же ситуациях. К сожалению, всем понятно, что нелюбовь начальства редко идет на пользу.
Второй вариант - смириться, проглотить недовольство, оставить все как есть. Не знаю, насколько это вам подходит, раз поборы настолько раздражают. Но вы сами сказали - работаете недавно, вряд ли являетесь сверхценным кадром. А тут свой монастырь - и так тут принято.
А, есть еще вариант подыскать другое место работы. Или еще лучше - начать свой бизнес. Отличный способ не зависеть от начальства.