А что в данном случае понимается под словом «химия»?
Всё на Земле состоит из химических элементов. Даже вода - тоже химия: молекула воды состоит из атомов водорода и кислорода. Да и сами мы, и все растения и животные тоже состоят из молекул, только куда более сложных по составу и структуре.
Если под «химией» понимать только искусственные добавки, то без них объемы производства продуктов питания сильно зависели бы от сезона, да и их качество тоже изменилось бы. В какую сторону и насколько - вопрос обширный, и в разных ситуациях на него можно ответить по-разному.
Раз всё на Земле состоит из молекул, которые, в свою очередь, состоят из атомов химических элементов (а в органике важно не только количество атомов, но и их расположение в молекуле), то ученые пробуют найти формулы веществ, входящих в состав натуральных продуктов. Наиболее интересны из них те, которые придают продуктам запах и вкус. Точные формулы многих из них на данный момент ученым найти так и не удалось, однако удалось синтезировать близкие по вкусу и запаху, но более простые по структуре молекулы,и они официально называются ароматизаторами, идентичными натуральным. Ароматизаторы натуральные, как правило, бывают только в натуральных продуктах, поэтому нее надо их путать с «идентичными».
Теперь немного поговорим о самих добавках. Некоторые Е-шки входят в состав и натуральных продуктов, а некоторые синтезированы искусственно.
Тема «химических» добавок раскрыта во многих историях. Например, здесь и здесь.
Да, не все добавки полезны, а многие безвредны только в маленьких количествах, поэтому неумеренное потребление продуктов с искусственными добавками вызовет проблемы со здоровьем, да и то далеко не сразу. Лекарства делают также из искусственно полученных компонентов. Да, они имеют натуральные аналоги (хоть и не всегда), но ведь проще съесть одну таблетку, чем прожевать ведро травы, чтобы получить одну и ту же дозу действующего вещества.