Будем реалистами, условия жизни у них всё-таки сложились неодинаковые пусть и в небольших - но довольно веских и предопределяющих деталях. Начнём с того, что Гарри пусть жил и в не слишком ласковой обстановке - а всё же у каких-никаких, но родственников. В персональном доме и в целом не слишком большой семье (всего четверо человек, включая взрослых - по сравнению с какими-нибудь Уизли даже рядом не стояли). Том же - воспитанник детского приюта, где строгие смотрители (по естественным причинам не воспринимающие детей своими родственниками ни в каком виде) и толпа таких же неприкаянных ребятишек. Гарри родные, скажем прямо, не особо любили, считали обузой - но всё равно не собирались его никуда прогонять. Напротив, исходя из их же слов, они хотели перевоспитать ребёнка, "выбить" из него всю "дурь" про магию и так далее. Не получилось, конечно - но это уже другой вопрос... У Тома же не было абсолютно никого, кто его бы хоть чуть-чуть ценил, оберегал или помогал, и Реддл гораздо больше привык полагаться исключительно на себя. Одиночество Тома гораздо ярче и сильнее одиночества Гарри.
Потом, магический дар. Если Поттер о своей силе, несмотря даже на её явные проявления, не догадывался вплоть до знакомства с Хагридом и подробного на эту тему разговора, то Реддл довольно рано разобрался в себе и своих умениях и даже успешно их использовал по собственному желанию. Стоит учесть, что стихийные проявления магии в столь юном возрасте контролировать - это умудриться надо, а потому Том явно сильно работал над собой и над дисциплиной своего ума, чтобы действительно направлять магию туда, куда ему хотелось, а не куда она сама вырвется. Поэтому же Реддл с самого детства познал, что он отличается от других детей больше, чем можно представить - и, возможно, считал себя этакой новой стадией эволюции (что, разумеется, просто не могло не привести к развитию некоторой мании величия).
Да и элементарно, дети росли в разное время, в разную эпоху: Том чуть ли не в военные годы (середина XX века, там как раз Мировые), а Гарри в довольно мирное, цивилизованное и спокойное время конца 1900-ых. Естественно, что и атмосфера, и социум даже в элементарных подростковых школах совершенно разнился. Как вы думаете, легко приходилось одинокому мальчику, отличавшемуся не крепким телосложением, а незаурядным умом и странным магическим даром в мрачные военные годы? А каково было юноше, растущем на тихой ухоженной улочке с мирными ровными лужайками в семье крупного бизнесмена (как-никак, а Вернон был руководителем целой фирмы)? Вот то-то и оно.
Потому совершенно неудивительно, что к моменту поступления в Хогвартс мальчишки уже представляли из себя совершенно разных по характеру детей. К тому же, сыграло немалую роль и распределение: Гарри оказался в Гриффиндоре, где под воздействием друзей вырос именно тем, кем вырос. А Том оказался на Слизерине, где всячески поощряли и его ум, и его стремления, и его навыки (включая манипулирование людьми и тёмные искусства) - он их и развивал, став в итоге могущественным Тёмным Лордом.