Во-первых, вода озера исключительно чистая, почти как ледниковая. Но чистые озера есть во многих местах на Земном шаре, так что этим можно удивить разве только Европу.
Необычно другое - отличный от широтного солевой состав воды. Вода озера гидрокарбонатно-кальциевая, однако очень большое значение в солевом составе играют сульфаты и ионы магния, а вот это уже не совсем обычно. Обычно при невысокой минерализации воды (на Байкале - 100-120 мг/л) сульфатов мало. Большое значение они играют в водоемах степной и лесостепной зон (а не в тайге), а также в загрязненных водоемах, но в них не встречается такой минерализации. По-видимому, такой солевой состав вода озера имеет из-за происходящих сейсмических процессов в этом районе.
Водородная реакция - рН - нейтральная, и близка к рН крови человека. Озер с такой реакцией воды - полно, однако чаще всего в олиготрофных водоемах (низкокормных), которым относится Байкал, рН куда ниже, от 5 до 7 единиц.
Но самое интересное - присутствие кислорода на больших глубинах. Даже на глубине 1600 метров содержание газа составляет 9,5 мгО2/л.
Надо отметить еще и очень низкую окисляемость - до 1 мг/л, а это показатель низкого содержания органических веществ в воде и указывает на ее чистоту.
И последнее - кристаллическая решетка воды Байкала отличается от обычной озерной воды, и больше похожа на талую. Дело в том, что вода - не однородное вещество, она состоит из трех видов молекул - гидролей, дигидролей и тригидролей. Лед в основном состоит из тригидролей, и именно этим видом молекул богата талая вода.
Ну и еще - на озере очень мощный слой реликтовой воды, которая не включается в водообмен (гиполимнион). Поэтому Байкал очень опасно загрязнять, так как поступление загрязнений рассчитывается на весь объем воды, а в этом случае большая часть воды в обмене просто не участвует.