Из Вашего списка первые четыре существительных содержат одинаковое количество букв и звуков: ЙОД (3 б. / 3 зв.), ИНЕЙ (4/4), лейка (5/5), кошка (5/5), в последнем же существительном звуков на один меньше – 4/3.
Лексема ДЕНЬ заканчивается буквочкой мягкий знак (Ь), которая звука не обозначает и в данном случае показывает мягкость того согласного, после которого мы её пишем (к иным функциям Ь относятся разделение: съезд, колье, а также показание формы – после шипящих: мышь, дочь). Именно из-за наличия этой буквочки, которая «не умеет звучать», звуков в слове ДЕНЬ оказалось меньше, чем букв (каждая из первых трёх букв обозначает по одному звуку).
В первых же словах расклад такой: одна буквочка = одному звуку; буквы, которые бы не обозначали никаких звуков (Ь, Ъ, а также непроизносимые согласные), в этих лексемах отсутствуют; буквы, которые обозначали бы одновременно по два звука ([й’] + гласный), тоже отсутствуют.
Буквочкой Е как в существительном ИНЕЙ, так и в существительном ЛЕЙКА обозначен лишь один звук – [и] (иней – [и́н’ий’]) и [э] (лейка – [л’э́й’ка]) по одному звуку, так как находится непосредственно после согласных и одновременно показывает их мягкость. По два же звука буквочка Е (как и все остальные йотированные – Ё, Ю, Я) обозначает в иных условиях: если начинает слово (ель), если с неё начинается слог (ель, поел), если она стоит после гласных (поел, уважает) или после Ь и Ъ (семье, съесть) – другими словами, во всех случаях, когда она находится НЕ ПОСЛЕ СОГЛАСНОГО.
P.S. А в послеударном слоге (лейка, кошка), несомненно, редуцируется, но не настолько, чтобы перестать звучать.